就像小說和電影一樣，霍格沃茨之遺也有四個不同的學院，對於哈利波特系列不熟悉的玩家可能並不知道四個學院有什麼區別，接下來就給大家分別介紹一下。
格蘭芬多（獅院）——勇敢、活力、騎士精神，代表顏色為紅金色。
拉文克勞（鷹院）——心思敏捷、機智、博學，代表顏色為藍棕色。
斯萊特林（蛇院）——為達目的不擇手段，代表顏色為綠銀色。
赫奇帕奇（獾院）——正直、忠誠、誠實、不怕艱辛，代表顏色為黃灰色。
在分院儀式上，大家可以根據自己的喜好來進行選擇，在那之後，角色所穿的長袍將立即變為你學院的顏色。
選擇學院後的主要區別
公共休息室位置：獅院和鷹院公共休息室都在各自的創始人塔樓內，獾院休息室與霍格沃茨的廚房在同一條走廊，而蛇院的休息室則在水底地牢里。需要一提的是，玩家只能參觀自家的公共休息室。
學院制服：主要就是制服顏色和胸前徽章的區別。
同學：隨著游戲進程的發展，每個學院都有各自同學的特殊對話，對話並不影響劇情的發展。
獨特的支線任務：支線任務可能是每個學院最明顯的區別了。例如，獅院的玩家將幫助無頭尼克和其他幽靈，獾院的玩家會前往阿茲卡班一日游。
