《原子之心》於2月21日發售之後，劇情和風格廣受好評，但也在西方國家引發某些爭議。
首先是烏克蘭的抗議，他們呼籲索尼、微軟和Valve封禁這款遊戲，原因是其背後的開發商Mundfish涉嫌通俄。
Mundfish曾被一些俄媒描述為俄羅斯的開發商，但實際總部位於塞普勒斯，公司一直堅稱其具有國際血統。烏克蘭推測Mundfish從俄羅斯的能源公司Gazprom那邊獲取了資金，並將其網站用戶數據與俄羅斯共享。而當被問及俄烏立場之時，Mundfish沒有直接站隊，而是「支持和平」。
烏克蘭數字事務部副部長Alexander Bornyakov在烏科技媒體Dev.ua上表態，認為《原子之心》有毒，Mundfish涉嫌非法收集和傳輸用戶數據，遊戲的資金流入了俄烏戰爭。當然，關於Mundfish是否接受俄羅斯方面的投資一事，並沒有定論。
另一個爭議，是《原子之心》內置的一個動畫片段。
《原子之心》有著類似《生化危機》風格的檔案室的設定，這裡存有一些蘇聯時代的老動畫片，玩家可以在戰斗之餘觀看它們，放鬆一下，而其中的一個片子《Nu, Pogodi》被遊戲媒體PC Gamer發現「問題」。
《Nu, Pogodi》是一部廣受歡迎的蘇聯兒童卡通片，於1969年首播，是不少人的童年回憶，20世紀蘇聯和俄羅斯文化的珍貴象徵，其動畫形象甚至出現在1988的蘇聯郵票上。該片的內容和跟《貓和老鼠》差不多，描寫老狼Volk和兔子Zayats之間的歡樂互動，由各種鬧劇組成。在某集發生在博物館的「連鎖反應」中，出現了一個非洲部落土著的角色，這被認為是醜化非洲以及陷入種族主義的刻板印象。
在強調各種正確的當下，對老片子的審查見怪不怪，雖然只有短暫幾秒的亮相，但如果這一集出現在Disney+或Netflix等西方流媒體的話，多半要被打上「該節目包含對人類或文化的負面描述和/或虐待」的警告。現在出現在一款東歐工作室開發的電子遊戲的內置片段中，就只能靠媒體的「找茬」了。於是PC Gamer聯繫了遊戲開發商Mundfish和Focus Entertainment，詢問是否會刪減該片段，並等待進一步的回應。
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