寶可夢傳說:阿爾宙斯遊戲中二周目相當於是遊戲的第二大階段,相當於一個遊戲的兩個不同的遊戲內容(一周目、二周目),在玩家通關一周目之後還可以進行二周目,在二周目中會有新的主線以及最終極的目標:收服阿爾宙斯等待玩家的完成。