寶可夢傳說：阿爾宙斯遊戲中二周目相當於是遊戲的第二大階段，相當於一個遊戲的兩個不同的遊戲內容（一周目、二周目），在玩家通關一周目之後還可以進行二周目，在二周目中會有新的主線以及最終極的目標：收服阿爾宙斯等待玩家的完成。
一、在寶可夢傳說：阿爾宙斯里，玩家通過最後劇情後，馬加木會集合所有隊員在祝慶村舉行慶典。二、然後會跳出一周目通關片段和最後慶典圖。三、接著會出現一段對話，在「與所有寶可夢相遇吧」過後，玩家會自動進入二周目。
《寶可夢傳說：阿爾宙斯》中有二周目，在一周目通關之後開啟，同時會有新的主線任務19-27，劇情上也是一周目的延續。
